โรงเรียนแห่งความเป็นเลิศ ขอต้อนรับสู่ห้องเรียนนิยม(เฉพาะ)ยอดคน ในซีซัน 3 เล่าถึงเรื่องราวครึ่งหลังของ อายาโนะโคจิ คิโยทากะ กับเหล่าเพื่อนร่วมชั้นปี 1 ซึ่งในภาคเรียนใหม่นี้จะมีการสอบพิเศษ นั่นคือ "การเข้าค่ายแบบจัดกลุ่มผสม” สถานที่จัดคืออาคารเรียนในภูเขาลึก พวกเขาทุกคนต้องทำคะแนนและเผชิญหน้ากับความท้าทายจากการจัดกลุ่มกับนักเรียนปีอื่น เพื่อหลีกเลี่ยงการถูกไล่ออก